DockerでWordpress実行環境を構築していたときmysqlコンテナが再起動ループに入って起動しないという症状が起きました。
その時の対処法です。
症状と環境
Hugoで作っていたゲームブログをサーバーの勉強も兼ねて、VPS上でWorpdressを動かしてそこに移行させようとしていました。
VPS上に直接Wordpressをセットアップするのもいいかと思いましたが、 Dockerファイルを用意すればローカル環境からそっくりそのままVPSに同じ環境が用意できるためDockerを使用することに。
手始めにローカルマシン（ubuntu）のDocker上にWordpressをセットアップしようと公式サイトのチュートリアルのDockerファイルを使用しました。
version: '3'
services:
db:
image: mysql:5.7
volumes:
- db_data:/var/lib/mysql
restart: always
environment:
MYSQL_ROOT_PASSWORD: somewordpress
MYSQL_DATABASE: wordpress
MYSQL_USER: wordpress
MYSQL_PASSWORD: wordpress
wordpress:
depends_on:
- db
image: wordpress:latest
ports:
- "8000:80"
restart: always
environment:
WORDPRESS_DB_HOST: db:3306
WORDPRESS_DB_USER: wordpress
WORDPRESS_DB_PASSWORD: wordpress
volumes:
db_data:
※外部リンク 取得日:2023/1/21
Docker公式ドキュメントより
しかし、ブラウザ上には「Error establishing a database connection」と表示されWordpressが正常に動作していない様子。
$ sudo docker compose ps
#実行結果
NAME IMAGE COMMAND SERVICE CREATED STATUS PORTS
wordpress-db-1 mysql:5.7 "docker-entrypoint.s…" db 30 minutes ago Restarting (2) 9 seconds ago
wordpress-wordpress-1 wordpress:latest "docker-entrypoint.s…" wordpress 30 minutes ago Up 30 minutes 0.0.0.0:8000->80/tcp, :::8000->80/tcp
mysqlコンテナのログ
ログを確認してみました。
sudo docker logs wordpress-db-1
#結果
2023-01-21 05:44:49+00:00 [Note] [Entrypoint]: Entrypoint script for MySQL Server 5.7.39-1.el7 started.
2023-01-21 05:44:49+00:00 [Note] [Entrypoint]: Switching to dedicated user 'mysql'
2023-01-21 05:44:49+00:00 [Note] [Entrypoint]: Entrypoint script for MySQL Server 5.7.39-1.el7 started.
'/var/lib/mysql/mysql.sock' -> '/var/run/mysqld/mysqld.sock'
2023-01-21T05:44:49.592215Z 0 [Warning] TIMESTAMP with implicit DEFAULT value is deprecated. Please use --explicit_defaults_for_timestamp server option (see documentation for more details).
2023-01-21T05:44:49.593048Z 0 [Note] mysqld (mysqld 5.7.39) starting as process 1 ...
2023-01-21T05:44:49.594879Z 0 [Note] InnoDB: PUNCH HOLE support available
2023-01-21T05:44:49.594889Z 0 [Note] InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins
2023-01-21T05:44:49.594892Z 0 [Note] InnoDB: Uses event mutexes
2023-01-21T05:44:49.594895Z 0 [Note] InnoDB: GCC builtin __atomic_thread_fence() is used for memory barrier
2023-01-21T05:44:49.594897Z 0 [Note] InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.12
2023-01-21T05:44:49.594900Z 0 [Note] InnoDB: Using Linux native AIO
2023-01-21T05:44:49.595034Z 0 [Note] InnoDB: Number of pools: 1
2023-01-21T05:44:49.595089Z 0 [Note] InnoDB: Using CPU crc32 instructions
2023-01-21T05:44:49.595942Z 0 [Note] InnoDB: Initializing buffer pool, total size = 128M, instances = 1, chunk size = 128M
2023-01-21T05:44:49.600329Z 0 [Note] InnoDB: Completed initialization of buffer pool
2023-01-21T05:44:49.601358Z 0 [Note] InnoDB: If the mysqld execution user is authorized, page cleaner thread priority can be changed. See the man page of setpriority().
05:44:49 UTC - mysqld got signal 11 ;
This could be because you hit a bug. It is also possible that this binary
or one of the libraries it was linked against is corrupt, improperly built,
or misconfigured. This error can also be caused by malfunctioning hardware.
Attempting to collect some information that could help diagnose the problem.
As this is a crash and something is definitely wrong, the information
collection process might fail.
key_buffer_size=8388608
read_buffer_size=131072
max_used_connections=0
max_threads=151
thread_count=0
connection_count=0
It is possible that mysqld could use up to
key_buffer_size + (read_buffer_size + sort_buffer_size)*max_threads = 68197 K bytes of memory
Hope that's ok; if not, decrease some variables in the equation.
Thread pointer: 0x0
Attempting backtrace. You can use the following information to find out
where mysqld died. If you see no messages after this, something went
terribly wrong...
stack_bottom = 0 thread_stack 0x40000
mysqld(my_print_stacktrace+0x3b)[0xf0ec4b]
mysqld(handle_fatal_signal+0x486)[0x79ede6]
/lib64/libpthread.so.0(+0xf630)[0x7f44a555a630]
mysqld(_Z11ut_crc32_hwPKhm+0xc9)[0x10dfb39]
mysqld(_Z22page_zip_calc_checksumPKvm24srv_checksum_algorithm_tb+0x94)[0xfea824]
mysqld(_Z24page_zip_verify_checksumPKvm+0x12a)[0xfea9ca]
mysqld(_Z21buf_page_is_corruptedbPKhRK11page_size_tb+0x4ba)[0x112553a]
mysqld(_ZN8Datafile19validate_first_pageEPmb+0x6e3)[0x11bc383]
mysqld(_ZN13SysTablespace24read_lsn_and_check_flagsEPm+0xcd)[0x11c8c1d]
mysqld(_ZN13SysTablespace14open_or_createEbbPmS0_+0x4cf)[0x11cb52f]
mysqld(_Z34innobase_start_or_create_for_mysqlv+0x2b99)[0x1090ba9]
mysqld[0xf57440]
mysqld(_Z24ha_initialize_handlertonP13st_plugin_int+0x51)[0x7f1cb1]
mysqld[0xcefe15]
mysqld(_Z40plugin_register_builtin_and_init_core_sePiPPc+0x2f0)[0xcf6140]
mysqld[0x7972d4]
mysqld(_Z11mysqld_mainiPPc+0xa85)[0x79aaf5]
/lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf5)[0x7f44a3859555]
mysqld[0x78e764]
The manual page at http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/crashing.html contains
information that should help you find out what is causing the crash.
よくわかりませんが、「バグじゃない？」みたいに言われている雰囲気を感じます。
原因：過去に作ったmysqlコンテナっぽい
実は今回コンテナを作るより前に、mysqlコンテナを作ったことがありました。
なのでその残骸が悪さをしているのかなと。
なので、
- mysqlイメージを消す(←のためにmysqlコンテナも消す)
- mysqlコンテナからマウントしているディレクトリを消す
- コンテナをキャッシュを使わずビルドする
この4つを行いました。
コンテナの削除とイメージの削除
まずは手元のubuntu内に残っているコンテナをすべて停止し、その中から不要なイメージを消していきます。
仕事でDockerを使っているわけではなく、気が向いた時にちびちび触っているだけなので半端なコンテナが散らかっていました。
# 全コンテナの停止
sudo docker stop $(sudo docker ps -q)
# エラーによって残ったイメージの削除
sudo docker image prune
# イメージ一覧を取得
sudo docker images
# mysqlイメージを削除
sudo docker rmi IMAGE_ID
マウント先の再構築
DBのデータやconfigを保存する先としてディレクトリ直下にdb_dataというディレクトリを作りそこをマウント先として指定していました。
エラー発生段階ではそのディレクトリに何も保存されていなかったのですが一応削除し、さらに別名(mysql)に変えてみました。
ディレクトリ名を変更したので忘れずにdocker-compose.ymlも変更しておきます。
no-chcheオプションを使ってビルド
イメージとコンテナを消したのでキャッシュは関係ないかなと主思ったのですが、一応キャッシュが悪いかもしれないということで、ビルド時にキャッシュを使用しないようお願いしておきます。
sudo docker compose build --no-cache
sudo docker compose up -d
ちゃんと掃除をしよう
この一連の手順で起動するようになりました。
最初はデータがまだ特にないからマウント先はいじらなくていいだろうと踏んで、マウントディレクトリのリネームを行わずにビルドのし直しをやったのですが、 その場合だとエラーが出たので、マウント先のキャッシュが残っておりそれが悪さをしていたのかなと思います。
db_dataという名前を他のmysqlのコンテナでも使っていてそのキャッシュの影響を受けたのかな?と思っています。
コンテナは使い捨てだということを再認識して、要らなくなったコンテナ・イメージはちゃんと破棄するようにしようと思いました。